モンスター ＭＨＧではＭＨに登場したモンスターの他に、亜種と呼ばれる原種の色違いモンスターが登場するようになった。 モノブロスとディアブロスのような角竜種による違いとかではなく、単なる色違いと肉質の変更。 行動パターンに若干の違いがある。 キングサイズの原種を討伐すると、その後のクエストから４０％ほどの確率で亜種が登場するようになる。 亜種確定クエストもある。 この作品からモンスターのサイズが一定ではなく変化するようになった。 クエスト終了後、狩猟したモンスターのサイズが表示される。 クエスト中のモンスターもサイズによって大きさが変動する。 モンスターのサイズはモンタクと呼ばれていた。

白ランポス ＭＨＧに初登場。 この頃はまだギアノスという名前ではなく、氷属性攻撃もしてこない。 ランポスの突然変異亜種という設定だった。 生息場所も森と丘、砂漠、火山と、寒い所とは無縁の場所に登場した。 通常のランポスより若干強い。

翠ガノトトス ガノトトスの亜種。 鱗の色が鮮やかな翠色になってキレイ。 生息場所は同じ。行動も同じ。 怒ると原種より行動速度が速くなる。

青イャンクック イャンクックの亜種。 甲殻や鱗の色が青色になった。 生息場所は同じ。 原種には無いバックジャンプ滑空という技を持っている（攻撃ではない）。 相変わらず飛竜と呼ばれていた。

紫ゲリョス ゲリョスの亜種。 皮の色が紫になった。 行動の違いはほとんど無い。

リオレウス 長時間飛行（ワールドツアー）の頻度は下がった。

蒼リオレウス ＭＨＧのパッケージモンスター。 ２００４年の９月だったかな、ＭＨの続編が出る！蒼いレウスが出る！という情報に仲間たちとワクワクしていた記憶がある。 甲殻や鱗が蒼色になった。 原種より空中ブレスが多くなったがその分降りて来る時はスキだらけ。 全体的に肉質が硬くなり、ハンパな武器ではガンガン弾かれた。 蒼レウスの素材から作れる防具がリオソウルなのでリオソウルと呼ぶ者もいた。 ボイスも原種とは違う音声だった（村クエだけだったかな・・・）。 蒼火竜の逆鱗、蒼火竜の紅玉という固有素材が入手できた。

銀リオレウス リオレウスの希少種。 甲殻や鱗の色が銀色になった。 討伐した飛竜がすべてキングサイズになると特定のＧ級クエストに確率で出現する。 肉質が原種、亜種と大きく変わり、逆転した感じで、弱点属性も変わった。 銀レウスの素材から作れる防具がシルバーソルなのでリオソルと呼ぶ者もいた。 銀火竜の逆鱗、銀火竜の紅玉という固有素材が入手できた。

桜リオレイア リオレイアの亜種。 甲殻や鱗の色が桜色になった。 蒼レウスと同様、肉質は硬め 桜レイアの素材から作れる防具がリオハートなのでリオハートと呼ぶ者もいた。 桜火竜の逆鱗、桜火竜の紅玉という固有素材が入手できた。

金リオレイア リオレイアの希少種 甲殻や鱗の色が金色になった。 銀レイアと同じく肉質が原種亜種と間逆に近い感じになり、弱点属性も変わった。 行動パターンは原種亜種とほとんど同じ。 金レイアの素材から作れる防具がゴールドルナなのでリオルナと呼ぶ者もいた。 金火竜の逆鱗、金火竜の紅玉という固有素材が入手できた。

赤フルフル フルフルの亜種。 皮が赤色になっている。 弱点属性が火から水に逆転した。 亜種専用の噛みつき攻撃を持っている。

バサルモス 熱線攻撃が火炎液攻撃に変わった。 睡眠ガスも追加されている。

グラビモス 火炎ガス攻撃、ボディプレスが追加さて、ブレスのモーションが速くなった。 更にブレス後に火炎ガスを出す事もあり、前作とは比べ物にならないくらいスキがなくなった。

黒グラビモス グラビモスの亜種。 甲殻の色が黒くなった。 肉質は原種よりさらに硬くなり、ガンガン弾かれる。 腹を割ると肉質が柔らかくなるのは同じ。 弱点属性が龍か水になった。 原種よりブレスを多用する（亜種は熱を体に溜めまくってるから熱線で放熱しているという設定に基づいているのかと）。

黒ディアブロス ディアブロスの亜種。 甲殻の色が黒くなった。 怒り時のスピードも格段に速くなった。 体力、攻撃力共に最強クラス。

白モノブロス モノブロスの亜種。 甲殻の色が白くなった。

キリン 無印では本当に幻の獣となってしまったが、今回は普通に戦える。

灰ラオシャンロン ラオシャンロンの亜種。 岩山龍と呼ばれているが、剥ぎ取れる素材は蒼甲殻という名前だったりするので灰ラオ、蒼ラオ、岩ラオ等と呼ばれていた。 相変わらず黒龍から逃げているらしい。

紅龍ミラボレアス ミラボレアスの激昂バージョン的なもの。 亜種ではなく、ハンターによって傷つけられたので火山の奥地で休養をとって甲殻が紅く変色したらしい。 専用の決戦場で戦う（ほとんど火山のエリア７）。 クエスト開始後、前方に走らないと即死する可能性がある。 その為それを知らずにフラフラして死亡するハンターが続出した。 攻撃力は原種と同じくハンパない。 空から隕石を落とす攻撃や、高高度からの滑空攻撃等、原種に無い攻撃を持つ。 一定以上ダメージを与えると深紅の甲殻へと変化し、肉質がものすごい硬くなる。 さらに一定以上のダメージで超硬化状態となって瀕死になると肉質が戻る。 今回のラスボス。